Honey Kisaragi ist einen ganz normale Schülerin des Internat St. Chapel's und noch dazu sehr beliebt - bis zu ihrem 16. Geburtstag.Wie immer an diesem Tag verläßt sie das Internat um sich außerhalb mit ihrem Vater, den sie sehr verehrt (sie nennt ihn z. B. immer Oto-sama statt -san wie üblich) zu treffen. Kurz darauf jedoch verändert sich ihr Leben für immer. Als Honey Kindheitserinnerungen nachhängend an der Küste auf ihren Vater wartet, kommt dieser auf einmal in einem Auto an gerast und rammt einen Laternenpfahl. Verletzt und in Panik versucht er seine Tochter vor irgend etwas zu warnen und sie zum Weg rennen zu bewegen, als die beiden auch schon von bienenartigen Monstern umzingelt sind. Plötzlich taucht ein rothaariger Mann auf - Seiji Hayami -, rettet die beiden und erklärt Honey in Kurzform, dass die Monster einer Verbrecher Organisation namens "Panther Claws" angehören.Nach einer wilden Verfolgungsjagd gelingt es dieser schließlich doch noch, Dr. Kisaragi zu entführen. Auch sein Haus, welches sich weit außerhalb in einer düsteren, öden Gegend befand, ist inzwischen niedergebrannt worden, wie Honey, als sie aufgewühlt nach der Entführung dort ankommt erkennen muss. Verzweifelt bricht sie beim Anblick der Trümmer in Tränen aus. Kurz darauf begegnet sie zum ersten Mal Prinz Twilight. Nachdem er ihr einige seiner weißen Lilien zugeworfen und jegliche Fragen seine Person betreffend ignoriert hat, übergibt er ihr ein rotes Halsband und einen Ring, beides mit einem goldenen Herzen daran. Als Honey beides angelegt hat, wird etwas in ihr aktiviert und sie erinnert sich an Worte, die ihr Vater vor langer Zeit gesagt hat: "HONEY FLASH!" Honey verwandelt sich zum ersten Mal und stürmt in Gestalt einer Motorradfahrerin los, um ihren Vater zu retten.In diversen Outfits und schließlich verwandelt in Cutey Honey gelingt es ihr schließlich auch bis zu ihrem Vater vorzudringen, der in einem Luftschiff gefangen gehalten wird. Sie kann seine Ketten jedoch nicht schnell genug lösen. Das Luftschiff startet, und Takeshi drängt seine Tochter zur Flucht ohne ihn, wovon diese natürlich nichts hören will. Schließlich stößt Dr. Kisaragi Honey mit dem Fuss selbst aus einer noch geöffneten Tür. Sie kann nur noch von unten mit ansehen, wie dass Luftschiff auf einen Brückenpfeiler, auf den es schon die ganze Zeit zugesteuert war, trifft und explodiert.Aufgemuntert wird Honey in den nächsten Folgen von weiteren, mysteriösen Botschaften des silberhaarigen Prinzen und die Ablenkungsmanöver ihrer besten Freundin Natsu. Immer wieder trifft sie jetzt jedoch auf die Mitglieder der Panther Claws, wenn diese z. B. versuchen, denn Schmuck von berühmten Popstars oder die Porzellanpuppen von Wahrsagerinnen zu stehlen. Sie bekämpft die Feinde mit allen Mitteln, wobei sie Unterstützung von dem Detektiv Seiji erhält, der natürlich nicht ahnt, dass sie das Mädchen ist, das er bei Dr. Kisaragis Autounfall vor den Bienenmonstern gerettet hatte. Er glaubt noch nicht einmal dann an eine Verbindung zwischen diesem Mädchen und Cutey Honey, als er die schon erwähnte Wahrsagerin fragt und diese prompt auf Honey Kisaragi deutet (...Männer...). Die Wahrsagerin informiert Honey auch darüber, dass ihr Vater noch am Leben sei. Sie ist allerdings nicht in der Lage etwas über Honey's Zukunft herauszufinden, sondern kann nur sagen, dass das Mädchen irgend wie mit den Farben des Regenbogens verbunden ist.Anfangs "nur" entrüstet über die Einmischung in ihre Pläne, haben die Panther Claws bald noch ein weiteres Interesse an Cutey Honey: Sie wollen die Erfindung, mit der sich das Mädchen verwandelt, an sich bringen!
Gemeinsam mit Seiji startet Cutey Honey eine Befreiungsaktion für Dr. Kisaragi, welcher in einer Burg gefangengehalten wird. Nachdem unsere Heldin es nach anstrengenden Kämpfen u. a. als "Robin-Hood-Honey", "Priesterin" und "Bazooka Honey" schließlich ganz alleine schon geschafft hat (Seiji wurde "unterwegs" von den Panther Claw überwältigt), scheitert das Vorhaben doch noch: Nach einem kurzen Wortwechsel zwischen Dr. Kisaragi, Prinz Zera und einer im Schatten verborgenen Gestalt kehrt Honey's Vater - freiwillig! - zu den Panther Claws zurück! Wieder einmal bleibt eine verzweifelte und verwirrte Honey zurück.In Folge 14 taucht dann schließlich Seira Hazuki an Honey's Internat auf und behauptet, deren Schwester zu sein, wodurch alles noch rätselhafter wird. Nachdem Honey sie ablehnt stellt sie sich auch im alltäglichen Leben gegen sie - in ihrer Rolle als "Misty Honey" scheint sie sowieso den Panther Claws nahe zu stehen. Immer deutlicher wird auch das zwiespältige Verhalten des "Tasogare no Price", der sowohl Misty als auch Cutey Honey von Zeit zu Zeit hilft, und den beide zunächst anzubeten scheinen. Honey's Qualen wegen dem Verschwinden ihres "Oto-sama", dem Mobbing durch Seira und dem ständigen Auftauchen der Verbrecher werden noch zusätzlich verstärkt als sie bemerkt, dass Prinz Twilight ein sehr enges Verhältnis zu ihrer Rivalin zu haben scheint. Wie wird er sich schließlich entscheiden?